併發症

IBD可能會發生相關併發症，尤其是在疾病的活動期；併發症可能會造成消化系統內部（局部）以及外部（全身性）的問題。

腸道內部 ( 局部 )

穿孔 ( 腸道破洞 )

在重度發炎的情況下，腸道壁可能會變得非常薄而破裂。如果發生此情況，腸道的內容物可能會滲漏至周邊區域，造成稱為腹膜炎的感染情況。這情況可能危及生命，需要專科醫師的醫療照護。

腸道狹窄 ( 僅發生在克隆氏症 )

這是克隆氏症最常見的併發症。如果長期發炎，發炎區域可能會形成傷疤。這會使得腸道窄化，造成稱為腸道狹窄的情況。腸道狹窄會導致腸道內容物如同栓塞般阻塞（腸梗阻）。

膿腫 ( 僅發生在克隆氏症 )

膿腫（癤）是因細菌感染所形成的膿囊。膿腫為紅色、具觸痛性質且溫熱，最常發生於靠近肛門（直腸開口）處，但也會發生於腸道內部。治療方式為手術清空膿腫。

瘻管 ( 僅發生在克隆氏症 )

可能會影響約30%的克隆氏症病患。腸道內深層的瘡瘍或潰瘍可能會轉變為管道，稱為瘻管。瘻管可能會連通至腸道其他部位（最常見在肛門旁），或在較少見的情況下會連通至膀胱、陰道或皮膚的周邊組織。這可能導致發炎而造成不適。

裂隙 ( 撕裂 )

位在肛門周邊皮膚令人疼痛的小裂縫或撕裂處。可能造成出血與排便時劇烈疼痛，也可能導致瘻管形成。這些現象最常見於克隆氏症，會造成輕度至重度不等的直腸疼痛和出血，尤其是在排便時。

猛爆性大腸炎

在罕見的情況下，大腸會擴張而腫脹，而可能演變為稱為腸梗阻的狀況。腸道壁的正常收縮會暫時停止，胃部區域可能會擴張或腫脹。若狀況持續惡化，大腸會失去肌肉張力而開始膨大，而氣體會受阻在腸道內。

毒性巨腸症

此為IBD最嚴重（並可能危及生命）的併發症。大腸失去正常收縮和沿著腸道移動氣體的能力，胃部區域可能會嚴重腫脹或擴張。會有高燒和疼痛現象，而胃部區域/腹部會出現觸痛，必須即刻就醫處理。

小腸細菌過度增值 ( mall intestinal bacterial overgrowths，SIBO )

小腸內細菌可能會過量生長，造成氣體形成、腹痛、脹氣和腹瀉。

身體其他部位 ( 全身性 )

貧血 ( 缺少鐵質 )

糞便內有出血可能會造成貧血。發炎也可能抑制骨髓細胞生成紅血球的能力，同時可能因此造成貧血，貧血會導致疲勞和全身感覺無力。

關節炎

關節發炎，一處以上關節有腫脹、發紅和觸痛的情形，最常見於大關節處。關節炎發生於疾病活動期。

關節痛

無腫脹的關節疼痛，最常發生於雙手和雙腳的小關節處。IBD病患經常會發生關節痛，關節痛可能於疾病的任何時期發生。

癌症

腸道癌症的風險有小幅增加，尤其是潰瘍性大腸炎的病患。部分醫學研究發現5-胺柳酸（5-ASA）可能會有保護作用，但目前仍未確認。

皮膚皮疹

結節性紅斑是一種由大顆（0.5至2公分）藍至紅色觸痛結節所組成的皮膚皮疹，尤其常見於小腿和前臂。

葡萄膜炎 ( 虹膜發炎 )

葡萄膜炎是眼睛內部的肌肉發炎，症狀包含眼睛疼痛（尤其在強光下）、視力模糊、頭痛以及眼白發紅。應該立即接受治療。

對於肝臟的影響

極少見。發炎可能造成肝臟的膽管狹窄，而導致皮膚發癢和疲倦。對於肝臟的影響通常是經由血液檢測得知。

吸收不良和營養不良 ( 多發生在克隆氏症 )

克隆氏症通常會影響小腸，也就是腸道中吸收多數養份的部位。嚴重案例中可能會出現吸收不良和營養不良（針對蛋白質、維生素和脂肪）。